Даллас, штат Техас. Бомба террориста уничтожает здание. В ходе расследования спецагенты ФБР Фокс Малдер и Дана Скалли сталкиваются с масштабным заговором. Рискуя жизнью и карьерой, Малдер и Скалли пытаются уничтожить смертельный вирус внеземного происхождения, существование которого скрывает таинственный и могущественный синдикат.
Во время перестрелки с членами известной преступной группировки Дэниел Маккена, полицейский, не находившийся в тот момент на дежурстве, теряет жену и получает пулю в лицо. Благодаря волшебству пластической хирургии, Маккена получает внешность Лайла Мейсона, одного из членов группировки. Маккена идет на это добровольно - с тем, чтобы отомстить за гибель жены.
Агентам ФБР Дане Скалли и Фоксу Малдеру поручают работу над проектом «Секретные материалы». Это архив нераскрытых дел, связанных с паранормальными явлениями. Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё поддаётся разумному объяснению. Постепенно взаимное недоверие перерастает в дружбу и даже в более глубокое чувство.