Молодая врач - психолог нанимает телохранителя со странной просьбой - проследить за ней и снять на пленку все ее передвижения. Завеса загадочности пропадает, когда он узнает о том, что его подопечная страдает синдромом раздвоения личности и во время одного из приступов, возможно, совершила убийство.
Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О'Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.
Из глубин космоса, через Клингонский сектор к Земле приближается неопознанный объект просто гигантских размеров с неясными, но, возможно, враждебными намерениями, и Энтерпрайз оказывается единственным кораблем, способным успеть вовремя добраться до этого объекта для его исследования и ликвидации потенциальной опасности для Земли.