В последние дни Второй мировой камикадзе Коити Сикисима посадил самолёт на острове Одо, где располагалась ремонтная база императорской армии Японии. В тот же вечер на них напал непонятно откуда взявшийся огромный ящер Годзилла — именно так называли его местные. Коити возвращается в разрушенный бомбардировками Токио (родители погибли, от дома остались одни обломки) и пытается жить дальше.
1614 год. Япония объединилась под властью первого сёгуна Токугавы. Генносукэ из клана Кога и Оборо из клана Ига остаются последней надеждой двух деревень, разрываемых трагедией беспрерывной мести. Их благословенная любовь должна принести мир страдающим ниндзя, населяющим деревни, но заговор Токугавы снова сеет между ними вражду.