Сбежав из дома, Лили просит помощи у незнакомца, чтобы связаться со своим парнем. Мужчина принимает девушку за свою дочь и запирает у себя в доме. Теперь Лили вынуждена подыгрывать чужому безумию, играть по постоянно меняющимся правилам «папы» и искать возможность совершить побег.
Лето 1968: студенческие волнения, протесты против войны во Вьетнаме, мини-юбки, джинсы-клёш, сексуальная революция. Пока Германия вступает в новую эру свободы, 14-летнего Вольфганга - с подачи ревнивого отчима - отправляют в исправительное учреждение под названием «Фрайштатт». Как оказалось, в этом заведении для трудных подростков царит жестокость и насилие - как физическое, так и психологическое.
Альтернативное будущее. В Англии после страшной эпидемии неизвестного вируса повергшей страну в хаос, устанавливается жестокая диктатура властного канцлера со всеми сопутствующими прелестями: комендантский час, всевластие членов партии над простыми людьми и, конечно, сотни тайных стукачей-осведомителей.
В 21 веке свирепый вирус уничтожил большую часть человечества, а оставшихся в живых заставил изолироваться в одном-единственном городе, защищённом специальным куполом. Именно там действует таинственный агент Эон Флакс, мотивы которой необъяснимы и чьей главной целью является видный политический деятель.