Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев — Черепашки-ниндзя.
Зартан, выдающий себя за президента США, решает избавиться от отряда G. I. Joe. После миссии в Пакистане, пока парни ждут эвакуации, по ним наносится авиаудар, а «президент» обвиняет бойцов в краже ядерной боеголовки и государственной измене. После нападения в живых остаются лишь Роудблок, Флинт и Леди Джей, которые решают восстановить справедливость и отомстить за павших товарищей, вновь...
Американское правительство долго скрывало тайну первой высадки человека на Луну. Оказывается, 20 июля 1969 года совершив посадку на Луне, американские астронавты обнаружили разбившийся корабль автоботов и останки роботов. Программу засекретили, но спустя сорок лет она вновь всплыла, как камень преткновения в отношениях людей и автоботов.