После победы над десептиконами на Земле, команда автоботов возвращается на Кибертрон, для того, что бы восстановить его. Вслед за ними возвращается и Юникрон - древнее зло, что бы уничтожить Кибертрон, ядром которого является Праймус - его вечный враг. Автоботы вновь вынуждены сражаться за свою планету.
Уверенные, что опасность миновала, автоботы, тем не менее, оставляют на Земле небольшую группу защитников под руководством Оптимуса Прайма. Предосторожность оказывается не напрасной — три года спустя Мегатрон объявляется снова и приносит с собой Тёмный Энергон, с помощью которого рассчитывает отомстить за прошлое поражение. Автоботы опять вынуждены взяться за оружие.