Пробудившийся из комы Джон узнаёт, что его жена и дочь были убиты при вторжении в их дом. Отчаявшись, он решает отомстить человеку, непосредственно ответственному за их гибель — Люку Деверо. В то время как Джон пытается собрать его реальность воедино, всё становится куда более сложным, когда его неустанно преследует универсальный солдат по имени Магнус.
Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против армии машин. Они вынуждены использовать не только арсенал превосходного оружия, но и свои выдающиеся навыки. Участие в миссии по спасению человеческой расы от истребления приносит им более глубокое понимание Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.