Москва, 1920-1930-е годы. Мастер с гениальным озарением описал последние дни жизни Иисуса в своем романе о Понтии Пилате, за который поплатился свободой. Его тайная возлюбленная Маргарита готова на сделку с дьяволом, лишь бы спасти Мастера. В это время некто Воланд, посетивший Москву со своей свитой, наводит ужас на обывателей.
В ночь с 16 на 17 июля 1918 года в Екатеринбурге без суда и следствия был убит отрекшийся от престола Николай II вместе с женой, дочерьми и неизлечимо больным наследником. О событиях той страшной ночи спустя несколько десятилетий рассказывает «очевидец» - бывший зэк, а ныне старожил психиатрической больницы, считающий себя цареубийцей.
Отправившись в командировку, герой фильма неожиданно попадет в фантастический город. Он очень похож на наш мир, только скрытая абсурдность повседневной жизни здесь стала явной. Город Зеро открывает герою одну тайну за другой, и вернуться в привычную реальность становится все трудней...